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採鉱試験と並行して実施した環境モニタリングシステム運用試験では、
海底に設置型無人探査機「江戸っ子1号COEDO」（以下「COEDO」）、
環境DNA自動採取装置、ハイドロフォン（水中マイク）を設置し、採鉱システムの稼働に伴う懸濁物の発生状況などを連続観測した。

また船上ラボでは、SIP海洋で開発し国際標準化機構（ISO）から発行された国際標準規格（ISO 23730、23731、23734）の手法を用い、
表層海水と揚泥したスラリーを試料として生物群集のモニタリングを実施した。
さらに、遠隔操作無人探査機（ROV）や「COEDO」のビデオカメラにより、海水中の魚類や海底の底生（ていせい）動物の生息状況を記録した。

現在、観測データの解析と試料の分析を進めているが、船上におけるバイオアッセイ（生物検定：ISO 23734）に基づく分析結果からも、
今回の採鉱に伴って生じる鉱物由来の環境汚染リスクは、低いと判断される。